第一部：魔法少女奈叶
主角高町奈叶是个平凡的小学三年级女生，与好友在如同日常作息的前往补习途中，发现了从异世界米德其路达来的雪貂尤诺·斯克莱亚。他利用心灵感应告诉奈叶，他来到这个世界的理由是为了回收他所挖掘到的太古遗产（平行次元中的高度文明的遗产）“圣石之种”。奈叶为了保护可能因为圣石之种暴走被破坏的城镇，决定代替尤诺出面回收。不料，这却只是一连串事件的开端。他们遇见，与他们一样目的，因为回收圣石之种而出现的谜样金发少女魔导师到底是……
第二部：零之使魔
普通的人类——才人被露易丝以“使魔”的身份召唤到了名为“克里斯汀”的异世界，对异世界一无所知而且不知道该如何返回原来世界的他开始了的“奴隶”生活。在经历了各种磨难后，才人与露易丝的感情逐步加深，在强烈的羁绊关系下，他们开始了与这个世界的邪恶与魔物的斗争。
第三部：妖精的尾巴
故事叙述在一个充满魔法的世界——“阿斯兰特（EARTH LAND）”中，位于菲奥雷王国的一个众多厉害魔导士云集的魔导士公会“FAIRY TAIL”。露西一直希望能加入，成为其中的成员。在纳兹的引导下，露西终于得尝所愿，并结识了许多厉害的魔导士。随后，露西跟纳兹、格雷、艾露莎和哈比组成“最强队伍”，在这个全世界最吵闹、最暴力，但也是最快乐的公会里，创造出数不清的传说的，借着各种委托人的任务而不断变强，伙伴也一个一个加入，故事就这样渐渐揭开。
第四部：黑色五叶草
曾经险些遭到魔神毁灭的世界，拯救它的是一位被后世称为“魔法帝“的魔导士……两位被遗弃在教堂的少年，一位是有魔法才能和四叶草魔导书的尤诺，另一位魔法值为零但却意外获得黑色五叶草的魔法书的阿斯塔……这是关于一位没魔法能力的少年却想要成为魔法帝的故事。
第五部：魔法战争
七濑武是个有着灰暗过去的平凡高中生，周遭对他的评价是：说好听一点是循规蹈矩，说难听一点是死板抑郁。他和青梅竹马五十岛胡桃，因为某种缘故而假扮情侣，除此之外，过的是平凡无奇的生活。
某日武在社团练习前于校舍内发现了昏倒的少女相羽六，并将她带到保健室，并在误解的情况下被六变成了魔法使，从此武和身边人们的命运开始有了改变…
“我是魔法使。对不起……是我害你变成魔法使。”
